南阳市审计局各内设机构的职责明确，协同工作，确保审计工作的顺利进行。

一、办公室负责处理机关的日常政务，包括文件起草、会议组织、宣传信息等，并承担审计局机关及下属单位的财务监督工作，同时协调特约审计员的相关工作。

二、法制科主要职责是制定审计工作方针和规章，研究财政经济法规，监督审计业务质量，审核审计报告，并处理审计行政复议和诉讼事务，同时开展审计普法教育。

三、财政金融审计科专注于市级预算执行情况审计，审计地方税务、国库以及县市区的预算管理，同时对相关金融机构的资产和负债进行审计。

四、行政事业审计科则审计与财政有拨缴款关系的机关和社会团体的财务，以及市部门下属单位的财务收支，涉及行业审计和专项资金审计。

五、经贸审计科负责市部门及其下属企业的财务审计，以及国有重点企业的监督审计，同时组织内部审计指导和专项审计调查。

六、农业与资源环保审计科专注于农业与资源环保部门的资金审计，以及县市区相关资金的专项审计。

七、社会保障审计科则负责社保基金和福利资金的审计，开展专项审计工作。

八、固定资产投资审计科对重点建设项目进行预（概）算和决算审计，监督市直单位的建设项目。

九、外资运用审计科专门审计国际贷款项目，负责中外合资企业的审计，并开展专项审计调查。

十、人事科（纪检组）主要从事人事管理、机构编制、教育培训以及党风廉政建设和违纪案件查处等工作。

南阳市财政局和南阳市民政局的机构设置也各具特色。南阳市财政局的各部门各司其职，从金融贸易到预算、国库、行政政法、农业、农村综合改革、会计、债务、国资等多个领域都有精细的划分。而南阳市民政局的机构设置则主要涉及社会事务的管理和服务，包括办公室、人事科等各部门。

财务规划与管理部：负责民政事业及行政经费的监管，统筹基建、物资及技术改造计划，管理资产，拟定并执行财务规章制度，实施审计监督以及民政统计工作。

机关党委事务部：承担局机关及其直属单位的党群工作，专注于党的建设以及各类群团活动的开展。

基层政权与社区建设科：调研基层政权构建情况，组织优秀乡镇和村委会评选，培训乡镇长及村主任，指导社区服务和组织建设，并监督地名管理工作。

地理区划与地名科：制定地名管理文件，研究地理行政区划，负责区域调整及地名管理工作，确保法规执行，参与全国地名标准化进程。

民间组织管理署：制定社团相关法规，审批、登记并监管全市性及跨区域社团，查处社团及民办非企业单位的违规行为。

社会福利与社会事务部：制定婚姻、儿童收养、殡葬等政策规定，指导登记工作，推动殡葬改革，协助社会福利机构和残疾人特教康复工作。

福利生产指导办公室：负责残疾人就业及技术改造工作的指导。

老干部事务科：承担机关老干部的管理服务工作。

信访接待部：处理群众来信来访，收集建议和问题，综合分析信息，协调解决重大问题，并指导全系统的信访工作。

纪律检查与监察室：负责查处违纪违法案件，协助党风廉政建设，受理举报和申诉。

优待抚恤部：负责拥军优属、抚恤优待工作，管理烈士纪念设施，并指导双拥活动。

军队离退休干部安置署：接收并安置军队离退休干部，指导相关休养所的管理工作。

退役军人安置科：负责退役士兵和军队复员干部的安置工作，制定相关接收安置政策和管理措施。

救灾与救济科：制定救灾政策，管理救灾款物，指导生产自救和社会救济活动。

低保管理中心（部）：实施城乡最低生活保障制度，指导农村五保供养和敬老院工作，并组织开展医疗救助。