一家40平米的小吃店，办理了三证合一的个体营业执照，已经开业两年多，每月营业额低于3万元，但没有办理税务登记该如何处理，会有罚款吗？像这种情况，直接到税务机关补办即可，没有罚款，三证合一之后，办理营业执照，简单方便了。由于税务登记证已经取消，所以不少人不知道还要办理税种认定，以为税务那边不需要办理手续了，这种情况在个体经营中非常普遍，在办理营业执照后，需要到税务机关办理税种认定。所谓税种认定，就是根据企业营业执照上记载的经营范围，核定企业需要缴哪些税。关于税种认定的时间、期限并没有具体规定，但一般应当在开始正式生产经营产生纳税义务之前，如果没有因此少交税款，税务机关不会予以罚款。

经营的小饭店营业面积40平米，每月营业额不足3万元，依据目前的税收政策，免交增值税、城建税及附加个人所得税，因此并没有少交税款，税务机关不会处理罚款，直接去补办即可。建议办理税种认定后及时领取发票，这样可以更好的满足客户需要。发票本身免费，每月开票金额只要不超过10万元，也不需要缴纳税款，何乐而不为呢？相反，客户索要发票时，如果不能提供，一方面可能因此造成客户流失。另一方面，万一向税务机关举报，这是除补开发票外，还需要对饭店处以罚款。