肥西县统计局设立了六个主要部门，确保统计数据的准确性和全面性，为决策提供支持。

1. 办公室：全局的综合协调与管理由此部门负责，涵盖文秘、行政、档案等工作。政务信息传递、反馈，机关宣传、信访、培训、保密、接待、保卫和后勤等工作也在此部门的管理之下。该部门还协助管理机关离退休干部及机关创建相关事务。

2. 综合科：专注于全县经济运行的监测、分析和预测，建立预警系统并编写宏观报告。该科室统一管理并提供各类综合性数据，发布统计公报，定期召开宏观经济形势分析会，为经济和社会发展目标及宏观调控提供建议。

3. 农业科：负责农村经济统计调查，收集、分析农村社会经济数据，进行质量评估，并指导乡镇农村统计改革，进行农村社会经济统计分析。

4. 工交科：专注于工业、交通、邮电和能源统计，确保数据的准确、及时和全面。该科室检查和评估数据质量，指导企业统计基础工作，并进行相关统计分析。

5. 商贸投资科：负责固定资产投资、建筑业、房地产业和国内贸易、住宿餐饮业及社会消费品零售总额的统计，以及数据质量检查、指导相关统计基础工作，并进行深入的统计分析。

6. 普查中心：作为全额拨款的副科级事业单位，承担重大国情国力统计普查的制定和实施，负责统计普查体系、标准制定以及基本单位统计报表和名录库的维护更新工作。

肥西县的农业委员会也设立了多个部门来全面支持和管理农业工作。这些部门包括办公室、人事科、财务审计科等，各自负责不同的职能，如日常行政事务、人员管理和人力资源规划、财政预算和审计等。还有与农业相关的科室如农业科、农村经营管理科等，以及负责特定任务的办公室和站点，如蔬菜产业办公室、扶贫开发科等。这些机构和部门共同构建了肥西县农业委员会的完整体系，确保了农业工作的高效运行。肥西县农业委员会的历史沿革也经历了多次变革，最终形成了现在的组织架构。