日本的手机店通常与三大移动运营商（NTT DoCoMo、au、SoftBank）合作，合作方式主要包括以下几个方面。

一、提供官方旗舰店销售渠道。三大运营商为了加强自己的品牌形象和市场份额，通常会选择在重要城市的主要商业街区和购物中心开设自己的官方旗舰店。这些店通常与日本的手机店合作，销售符合运营商品牌和产品规格的手机产品。

二、授权零售商售卖运营商手机产品。三大运营商也会授权日本的手机店销售其手机产品，主要针对高端或特定需求客户的需要进行定制。这种合作方式使零售商从中得到一定的利润，也可以扩大运营商的品牌知名度。

三、合作提供各种增值服务和附加产品。日本的手机店与三大运营商合作，也提供各种增值服务和附加产品。例如提供各种通讯服务（包括合约和预付费服务）、提供手机维修和保养服务、在手机配置和细节上提供更专业的建议和指导。以及提供各种手机周边的附加产品等等，以进一步提高客户的满意度和忠诚度。

通过与三大运营商的合作，日本的手机店可以拓展销售渠道和增加产品线，同时提供更加全面的产品和服务，从而满足消费者的各种需求。同时也得到了与运营商的合作，增加品牌和市场竞争力，进一步巩固市场地位。